Előzmények:

A Combine Birodalom lerohanja és uralma alá hajtja a Xent, és az egész bolygót rabszolgasorsba kényszeríti. Megszokott technikájukat alkalmazzák a xeniek elpusztítására. Ez a technika abból áll, hogy keresztezik a meghódítandó bolygó domináns faját (ez Xen esetében a Vortigaunt) a saját technológiájukkal, és így szuperkatonákat hoznak létre, amelyek az egész bolygó elfoglalására képesek. Technikájuk további része, hogy a kiszemelt faj egyik tagját a saját oldalukra állítják, akinek feladata, hogy a bolygó vezetőjeként biztosítsa a faj többi tagjának alkalmazkodását a combine követelésekhez. Xen esetében ez a vezető Nihilanth (habár ismeretlen, hogy Nihilanth Votigaunt-e, vagy sem). Ellentétben Breen-nel, Nihilanth-ot kényszeríttették a combine-ok, hogy együttműködjön. Talán Nihilanth volt Xen vezetője mielőtt a combine-ok megszállták a bolygót, és más eszközökkel kellett őt jobb belátásra bírni.

Ez alatt a Földön Gordon Freeman a MIT-n tanul a doktorátusához. Az Új-Mexikó-i Black Mesá-ban teleport kísérleteket folytatnak. Eli Vance és Dr. Kleiner tudósok ellenőrzése alatt kristályokat szereznek a Xen-ről, és organizmusokat analizálnak. A kutatások folytatódnak.

Mindeközben a Xenen a combine-ok felfedezik a Black Mesa portáljait, melyeken keresztül a Földre juthatnak. Ismeretlen körülmények között kapcsolatba lépnek Wallace Breen-nel, a Black Mesa igazgatójával. Hatalmat és gazdagságot ígérve meggyőzik Breen-t, hogy az emberiség legnagyobb lehetősége arra, hogy megismerje a csillagokat és az univerzumot az, ha beolvadnak a combine-ok Galaktikus Uniójába ("Universal Union"). Breen bekapja a horgot, azt hiszi, hogy a combine-ok tényleg segíteni akarnak az emberiségnek (valójában a leendő rabszolgáikat látják az emberi fajban). A combine-ok a Föld elfoglalására készülnek.

2000:

1.1. A Black Mesa incidens – Half-Life 1

-Breen felállít egy műholdat, és előkészíti az invázió első szakaszát

-Az invázió első szakasza, a "Resonance Cascade" (lsd 1. pont)  

-A műhold fellövése

-Nihianth legyőzése

-A Black Mesa megsemmisülése

-Gordon felbérlése (lsd 2. pont)

"Várnak rád Gordon, a tesztteremben."

1. Wallace Breen a legmagasabb combine tisztek felügyelete alatt előkészíti az invázió első szakaszát, és a Balck Mesa rendellenes anyagokkal foglalkozó szektorának egyik speciális teszttermét választja színhelyéül. G-Man tudatában van Breen tervének, és megpróbálja megakadályozni az inváziót, de nem jár sikerrel. A portál lehetővé teszi, hogy a combine-ok előre küldjék a kezdőseregüket, a xeni rabszolgákat, hogy elfoglalják a Black Mesá-t és előkészítsék a fő inváziót. A fejrákok ("headcrab"-ek) és Xen más tudat nélküli vadállatai pedig csupán a táplálékszerzés reményében jönnek a Földre. G-Man létrehoz egy különítményt a fő portál megsemmisítésére, és US katonákat küld a földönkívüliek ellen. A Black Mesa hatalmas csatatérré válik, ahol rengeteg faj és technológia küzd egymással.

Az incidens folyamán azonban egy HEV (Mark V Hazardous Environment Suit) ruhás orvos felkelti G-Man érdeklődését. Gordon Freeman, a rendellenes anyagokkal foglalkozó szektor frissen szerződtetett alkalmazottja kivételes képességeket mutat mind a xeniek, mind az US katonák ellen folytatott harcban. G-Man érdeklődése egyre nő, miközben Freeman eljut a Xen-re, legyőzi Nihilanth-ot, kiszabadítja a Xen-i rabszolgákat, hatalmas csapást mérve ezzel a combine-okra. G-Man-t teljesen lenyűgözik Gordon tettei.

Gordon végig azt teszi, amiben a legjobb: parancsokat teljesít. Még mielőtt eljutna a Xenre, tudtán kívül segíti a combine hadjáratot azzal, hogy fellő az űrbe egy Lambda-műholdat. Ez a műhold lehetővé teszi a combine-oknak. hogy ún. "portál-viharokat" idézzenek elő, teleportkapukat nyitva ezzel Föld-szerte.

A Black Mesa megsemmisül egy atomrobbanásban ( lsd az Opposing Force-ot ), de a combine-oknak megvan amire szükségük van: egy műhold amivel portál-viharokat idézhetnek elő.

2.A Half-Life 1 végén G-Man választási lehetőséget ad Freeman-nek: vagy meghal, vagy elvállaja a munkaajánlatát. A Half-Life 2 puszta léte azt jelenti, hogy Gordon az életet választotta a halál helyett. Miután elvállalta a munkát, G-Man kiszakítja őt térből és időből, hogy újra hívja őt, ha szükség lesz rá.

2002: Gordon nem öregszik

1.2.A portál-viharok

-A viharok kezdete

-A népesség a városokba özönlik

A Black Mesa hatalmas hatással van a Half-Life 1 történése utáni idők változásaira. A combine-ok Föld-szerte portálokat nyitnak a Lambda-műhold segítségével. Földönkívüliek (a Xen-ről) minden fajtája teleportál a városokba. Fejrákok másznak a zöldséges ládáiban, míg másikak medencékbe vagy otthonokba teleportálnak...

A Földön eluralkodik a káosz. A felszabadított Vortigauntok a Földre menekülnek a combine-ok elől, akik ismét rabszolgáikká akarják őket tenni.

A népesség a városokba áramlik, ahol katonák, szögesdrótok és kerítések védik meg őket a szörnyektől. A biztonságérzet lassan úrrá lesz a Földön, az emberek újra normális életet élhetnek a városokban. A földönkívüliek folyamatosan a városokon kívüli területekre teleportálnak.

Ez alatt a combine-ok előkészítik a támadásukat a Föld ellen, most, hogy már az igényelt portálok a helyükön vannak. Mivel a xeniek a Földre menekültek, a combine-ok elfelejthetik Xent, és egy csapással rabszolgáikká tehetik a xenieket és az emberiséget is a Földön.

2004: Gordon nem öregszik

1.3.A combine-ok lerohanják a Földet

-A portál-viharok folytatódnak

-A combine-ok érkezése

-A Hétórás Háború

-A citadellák felépítése

-Breen a Föld vezetője lesz

-A népességtömörülési pontok elpusztítása

-A városok átnevezése (lsd.3.pont)

A Föld-Xen portálokat használva átjáróként, a combine-ok elsöprő erejű inváziót indítanak a Föld ellen; galaxis-szerte elhelyezkedő bázisaikról szárazföldi csapatokat, stridereket, dropshipeket és gunshipeket teleportálnak át. Ugyanazt a technikát használják itt is, mint a Xenen. Szuper-hadsereget állítanak elő az emberi DNS és a combine technológia keresztezésével.

A fő citadellát City 17-ben állítják fel. Több citadellát húznak fel más városokban is. Ezek a hatalmas épületek a combine uralom központjai. Ezekben állítják elő a combine hadsereget, a járműveket, a hadi felszereléseket.

Amellet, hogy a combine-ok és az emberiség egymás ellen harcol, más lényekkel is szembe kell nézniük. A felszabadított Vortigauntok a lázadó emberek mellé állnak, mert bosszút akarnak állni a combine-okon. A fejrákok (elvégre fejrákok) mindenkit megtámadnak, akit meglátnak. Más szörnyek szintén terrorizálják az embereket és a combine-okat is.

Gyökerezik a combine-ok tervének következő lépése. Wallace Breen még mindig optimista a combine hatalomátvétellel kapcsolatban. A Föld vezetőjévé teszik, ahogyan megígérték a Black Mesá-ban. Breen átadja a Földet a nekik, azt hirdetve, hogy jót akarnak, és azért vannak itt, hogy halhatatlanná tegyék az emberiséget. Annak ellenére, hogy látja ezrek holttesteit, szentül hisz abban, hogy ez az aprócska vérveszteség elkerülhetetlen az átmeneti időszakban, amíg a Föld csatlakozik a Galaktikus Unióba. Breen formálisan kapitulál az emberiség nevében a Hétórás Háború lezárásaként. Breen a combine-ok hasznára van azzal, hogy ember. A domináns faj tagja (mint Nihilanth a Xen-en), így segíti azt a hazugság terjesztését, hogy a rabszolgasors jó dolog. Az emberek, pedig látva, hogy egy ember van hatalmon- könnyebben beletörődnek a világ változásaiba.

A Föld legnagyobb népességű pontjai közül a legtöbbet elpusztítják. Az emberek vidékre menekülnek, hogy ne essenek a combine-ok fogságába. Apró lázadó csoportok alakulnak, de a veszélyes vidéken kell bázist alapítaniuk, ahol a xeni vadvilág állandóan fenyegeti őket. Breen még mindig a combine-ok eltökélt híve, mit sem törődik az iszonyatos népírtassal. Szemében a lázadók nem többek egyszerű bajkeverőknél.

3.A megmaradt népesebb területeket átnevezik: City 1,City 2... City 17,City 27 stb. és a combine-ok felügyelete alá rendelik, akik így megalapozzák hatalmas létszámú jelenlétüket a Földön. Az Egyesült Nemzetek főhadiszállását New York-ban lerombolják.

1.4.A combine uralom megszilárdulása

-A média átformálása

-A Nova Prospekt létrehozása, mint "raktározási és kísérleti terület"

-A Combine Civilvédelmi Szervezet megalapítása

-"Átalakítási folyamat"

Wallace Breen a City 17-ben álló citadella legfelső emeletén rendezi be főhadiszállását. Célja, hogy leszámoljon a lázadókkal. Breen a médián keresztül megpróbál kapcsolatot teremteni az emberekkel. Hatalmas kivetítőket állítanak fel a városközpontokban. Az újságokat, a televíziót, és a kommunikáció minden lehetséges eszközét cenzorálja és maga válogatja meg a tartalmat.

Breen üzenete egyszerű: az embereknek mindent meg kell tennie, hogy az átmeneti időszak minél kevesebb problémával járjon. Véleménye szerint az emberiségnek áldozatokat kell hoznia, hogy csatlakozhassanak a combine-okhoz, de a cél szentesíti az eszközt. Hisz abban, hogy a csatlakozás pozitív hatású lesz, és mindenkit megpróbál meggyőzni erről. A portál-viharok után az emberek annyira kiszolgáltatottak, hogy még ezt is elhiszik.

A városközpontokban combine erők biztosítják az emberek védelmét a földönkívüliektől. A megfélemlített emberek újra a városokban telepednek le, de életük folyamatos rettegésből áll. Rettegnek saját, és családjuk biztonságáért. A combine-ok brutális uralma kezdetét veszi.

A combine-ok célja Breen-nel egyszerű. Az ő feladata az, hogy előkészítse a földet nekik, hogy megsemmisítsen minden ellenállást. A civilvédelmi erőket használva rajtaütéseket szervez, és minden elfogott lázadót "stalker"-ré, rabszolgává alakít (a Citadellában láthatjuk őket az utolsó előtti pályán a HL 2-ben). Továbbá a combine-ok újra rabszolgákká akarják tenni a Vortigauntokat, közepes sikerrel. Valódi céljuk, hogy az egész emberiséget stalker-ré változtassák, és hogy a Vorigauntok is újra a szolgáik legyenek. A legzseniálisabb emberi elméket a Nova Prospekt-be viszik, ahol megfigyelik őket ill. kísérleteket hajtanak végre rajtuk. A combine-ok a lehető legtöbbet akarják megtudni az emberiségről, mielőtt elpusztítják azt.

A combine-ok teljhatalmú vezetője (a "Combine Overlord") elrendeli az "átalakítási folyamatot", amely messze meghaladja Breen hatalmát. Első lépésként a combine-ok aktiválnak egy energiamezőt ("Suppression Field"), ami megakadályozza az embereket a szaporodásban (a részletek nem teljesen tiszták). Így nem születhet egyetlen új ember sem, tehát a jelenleg a Földön élő emberek lesznek az utolsó generáció. Biokémiai vegyületeket tesznek a vízbe, melyek hatására az emberek elfelejtik a múltat, és így még egyszerűbben érthetnek egyet Breen-nel és a combine-okkal. Egyszerűen elfelejtik, hogy miért utálják őket. Utolsó lépésként elkezdik elszívni a Föld óceánjait. A combine-ok tehát előkészítik a Földet új lakosaiknak.

2010: Gordon felébredése

1.5.A lázadás

-Gordon visszatér

-Felbolygatja City 17-t és Nova Prospekt-et

-Kitör a fő felkelés

A lázadás Gordon első hivatalos megbízása, a másodikat pedig még nem árulta el neki G-Man. G-Man újra visszahozza őt a munka végrehajtásának időtartamára. Amint Breen felfedezi a visszatérését, legfőbb feladatának elfogását vagy megölését tekinti.

Gordon kicsúszik a combine-ok kezei közül Nova Prospekt-nél, miközben súlyos csapást mér rájuk. Ez robbantja ki a polgárok felkelését, és sokkal nagyobb lázadás tör ki, mint bármikor azelőtt. A káosz lesz úrra City 17-en, amint Wallace Breen és a combine-ok megpróbálják elfojtani a lázadás terjedését, és a citadellát teljes támadó üzemmódba rakják, melynek következtében combine katonák özönlik el az utcákat. Vortigaunt menekültek a Xen-ről csatlakoznak a lázadáshoz. G-Man nyomon követi Gordont a feladat végrehajtása során, és segít neki, ha szükséges.

-Gordont ismét kiszakítják térből és időből

1.6.A combine-ok bukása

Az ismert történelem utáni idők:

A Half-Life 2 végén Gordon teljesíti a megbízatását. Elpusztította a célpontját, a citadellát City 17-ben, a combine-ok földi trónját. Nem tudjuk, hogy mi történt ezután a földön maradt combine-okkal, de több mint valószínű, hogy a lázadók leszámoltak velük, hiszen vezető nélkül maradtak, a citadellát lerombolták és nincsenek tartalékaik. A combine-ok jelenléte a Földön tehát megszűnik. Gordon ismét elhagyja a világot, amíg el nem jön a következő megbízatása.

Mit jelent mindez a combine-okra nézve? Vagy vissza kell foglalniuk a Földet és a citadellát City 17-ben a xen-i portálokon keresztül, és újra kiépítenek mindent, vagy feladják a küzdelmet a Föld ellen. Valószínűleg újra el akarják majd foglalni a Földet, mintegy politikai lépésként megmutatva más bolygóknak és rendszereknek, hogy tényleg legyőzhetetlenek. Egy dolog azonban biztos: a combine-ok nem haltak ki. Rengeteg csapatuk van még más bolygókon és dimenziókban. A birodalmuk még mindig terjeszkedik, kegyetlenül eltaposva más bolygókat/dimenziókat a Földhöz és a Xen-hez hasonlóan.

Mit tett végül is Gordon? Véget vetett a combine uralomnak a Földön (egy időre legalábbis) és egy második súlyos csapást mért ezzel a Combine Birodalomra, megmutatva nekik hogy az emberek elég erősek, hogy felvegyék a harcot egy ilyen hatalmas birodalommal is, és hogy a combine-ok sem legyőzhetetlenek. Egy időre az emberiség újra szabad lett.

Miért adta G-Man ezt a megbízást Gordonnak? Jó kérdés. Valószínűleg G-Man egy intergalaktikus lázadó szövetség ügynöke (emberi formában), akik azért küzdenek, hogy legyőzhessék a kegyetlen Combine Birodalmat, mely már sokkal a HL1 történései előtt is létezett.  Ez a lázadó szövetség elképesztő technológia birtokában van, képesek olyan formán uralni a teleportációt, ahogyan G-Man is teszi. Valószínűleg G-Man rájön, hogy Gordon Freeman az egyetlen, aki legyőzheti a Combine Birodalmat, és olyankor hívja, ha erre lehetőség van. Emlékezzünk vissza, Gordon egy másik fajt is felszabadított: a xenieket. Így ez volt a második nagy csapása a combine-ok ellen. A vicces az egészben, hogy mindezt tudtán kívül teszi.